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桥本氏甲状腺炎是一种可以治疗但不可治愈的疾病。针对桥本氏甲状腺炎引起的甲状腺功能异常、甲状腺肿是可以进行对症治疗的，但目前尚无根治的方法。
桥本氏甲状腺炎早期可能引起甲状腺功能亢进，很多患者都没有明显的症状，一般是不需要用抗甲亢药物的。有轻微症状的，可以给予β-受体阻滞剂（如普萘洛尔、酒石酸美托洛尔等）控制症状。如果甲亢症状明显不能控制者可适当应用小剂量抗甲状腺药物，2-4周左右需要复查，根据甲状腺功能情况及时减量直至停药，以免导致严重甲减。如果甲状腺功能正常，随访观察则是桥本氏甲状腺炎处理的主要措施。一般主张每半年到1年随访1次，主要检查甲状腺功能。
如果出现了甲状腺功能减退，可以用甲状腺片剂替代治疗，左甲状腺素（L-T4）是目前治疗甲减的首选药物。一般从小剂量开始，每4-6周监测1次TSH水平，根据结果逐渐调整药物剂量，达到有效剂量后长期维持。达到目标剂量后，也需要6-12个月复查1次甲状腺功能。
对于甲状腺肿大的患者，大部分患者只需要定期随访，复查甲状腺B超即可。只有个别甲状腺肿大显著、疼痛、有气管压迫，或伴发恶性结节者，可以考虑手术切除。术后往往发生甲减，需要甲状腺激素长期替代治疗。
桥本氏甲状腺炎的饮食治疗原则是限碘，主要是限制高碘饮食，避免食用高碘食物，如海带，海蜇，紫菜，苔条和淡菜等。但也不是完全忌碘，正常的碘摄入还是需要的。
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