如何选择聚丙烯酰胺絮凝剂要根据具体行业的废水的特性来选择，同时还要看在哪个环节添加絮凝剂，做何用途。
一般选择无机絮凝剂时要考虑废水的成分及PH等，然后选择最适合的一种（铁盐、铝盐或铁铝盐、硅铝盐、硅铁盐等）。
在选择有机絮凝剂时（比如：聚丙烯酰胺PAM），主要是要用到阴离子聚丙烯酰胺、阳离子聚丙烯酰胺或是非离子聚丙烯酰胺。
阳离子的选择一般用在污泥脱水方面，阳离子聚丙烯酰胺的选型很重要，城市污水处理厂一般用到中强阳离子聚丙烯酰胺，造纸、印染厂污泥脱水一般选择弱阳离子，医药废水一般选强阳离子等等。
阴离子聚丙烯酰胺是水溶性的高分子聚合物，主要用于各种工业废水的絮凝沉降，沉淀澄清处理，如钢铁厂废水，电镀厂废水，冶金废水，洗煤废水等污水处理、污泥脱水等。阴离子聚丙烯酰胺还可用于饮用水澄清和净化处理。由于其分子链中含有一定数量的极性基团，它能通过吸附水中悬浮的固体粒子，使粒子间架桥或通过电荷中和使粒子凝聚形成大的絮凝物，故可加速悬浮液中粒子的沉降，有非常明显的加快溶液澄清，促进过滤等效果。
每一种废水都有它自己独有的特性，非离子聚丙烯酰胺主要是在弱酸性条件下使用，印染厂用到非离子PAM的比较多。
所有的这些絮凝剂的选型都要根据试验才能确定，在试验中首先确定大致加药量，观察絮凝沉淀速度，核算处理成本，选择经济、适用的絮凝药剂。