桥本氏甲状腺炎起病隐匿，进展缓慢，临床表现常分为三个阶段。
第一阶段：无症状性甲状腺肿大甲状腺呈弥漫性、分叶状或结节性肿大，质韧硬，与周围组织无粘连。常有咽部不适或轻度咽下困难。时有颈部压迫感。偶有局部疼痛与触痛。
第二阶段：甲状腺功能亢进可兼有HT和Graves病的组织学及临床症状和体征。表现为食欲亢进、易疲乏、失眠、烦闷急躁等，部分病人有胫前粘液性水肿及突眼。自觉症状较单纯Graves病轻，稍服抗甲状腺的药即可获良好效果，但也容易出现药物性甲状腺功能减退。部分患者呈一过性甲状腺功能亢进，为滤泡破坏，甲状腺激素释放入血所致。短期功能亢进后出现持续性功能低下或功能正常。
第三阶段：甲状腺功能低下80％的患者甲状腺功能可保持正常相当一段时间，中晚期则由于免疫反应对甲状腺组织的持久破坏出现功能低下。逐渐出现怕冷、心动过缓、便秘甚至粘液性水肿等典型症状及体征。
本病进展到第三阶段的快慢有以下特点：（1）女性比男性进展快，女性进展速度是男性的5倍。（2）45岁以后进展快。（3）最初甲状腺抗体滴度高预示进展快。（4）最初TSH升高者进展快。亚临床甲减的HT，如TSH20mU/L，每年有25%进展到临床甲减；对于抗甲状腺抗体阴性、血清TSH10mU/L的人群，亚临床甲减有两年内自发缓解的可能。